Из прочитанного анонса лекции "Топонимист объяснит всем желающим, почему «в Купчине», а не «в Купчино»"
https://calendar.fontanka.ru/events/12623

Тезис: "Привычка «не склонять» закрепилась во времена Великой Отечественной: в приказах и сводках названия населенных пунктов были написаны ровно так, как на карте, дабы не перепутать, скажем, подмосковное ПушкинО с нашим ПушкинОм (ну и заодно с ПушкинЫм Александром Сергеевичем). Гражданское население переняло эту манеру и яростно ее отстаивает." выглядит весьма спорным, так как "все остальные" топонимы гражданское население и склоняло и склоняет. Как версия, выглядит конечно неплохо. Правила совряза время от времени меняются, как, например, употребление буквы Ё.

Практика несколнения пришла скорее всего не из военных документов, а обилия финноязычных топонимов в округе, которые порой и без склонения "звучат диковато".